浮游菌采样器核心的部件，一个是采样头，一个是采样泵。有些浮游菌采样器，其采样头和采样泵是集成在一个机子上的。
对浮游菌采样器的校准过程存在两种方法，分别为对目标采样时间和目标采样流量的调节；从而满足目标总采样体积的要求。
根据仪器特征，校准途径可分为两种:
方法1：将实测流量值输入采样器，即实际流量值修正。通过调整采样时间，即使实测流量比预设流量差很多，仍然保障采样总体积的准确性。
方法2：通过调节风机功率来调节并达到目标:采样流量，即目标流量值调节。该方法根据调节步骤又分为硬件调节和软件调节。